درآستانه اجرای فاز دوم هدفمندی یارانه‌ها، قیمت‌ها از نرخ حمل و نقل عمومی گرفته تا افزایش قیمت در اقلام و کالاهای مصرفی تولید شده در کارخانجات افزایش یافته و این افزایش قیمت‌ها باعث ایجاد نگرانی‌هایی نیز در بازار مسکن شده است. برخی زمزمه‌ها حاکی از افزایش قیمت مسکن پس از اجرای فاز دوم هدفمندی است. با افزایش قیمت حامل‌های انرژی، امکان این وجود دارد که قیمت مسکن در کشور افزایش یابد. در دور اول هدفمندی یارانه‌ها شاهد افزایش قیمت مسکن در پی شیب تند افزایش قیمت‌ها بودیم.
مسکن از سال 84 تاکنون دو بار سونامی قیمت‌ها را تجربه کرده است که در هربار تعداد بیشتری از متقاضیان از بازار مسکن حذف شدند و به تعداد مستاجران افزوده شد. کارشناسان سونامی اول قیمت‌ها را ناشی از ارائه بی‌ضابطه تسهیلات بانکی و سونامی دوم قیمت‌ها را به دلیل اجرای مسکن مهر و تورم حاصل از هدفمندی یارانه‌ها اعلام کردند.
بر پایه آمار رسمی وزارت کار، تعاون و رفاه اجتماعی، که در میانه اسفندماه 92 انتشار یافت، کسری بودجه خانوارها ازسال 1383 تا 1390 به بیش از 3 برابر رسیده است. باتوجه به این آمارهای رسمی، اکنون با افزایش مرحله به مرحله قیمت‌ها، سطح زندگی و قدرت خرید مردم کاهش پیدا می‌‌کند و برگی دیگر به داستان دغدغه تامین مسکن اضافه می‌شود.
